Geboren 19.9.1941 als Sohn des Germanisten Walter Imhoof in Winterthur. Imhoof besucht das Humanistische Gymnasium, wo er seine ersten beiden Kurzfilme dreht. Nach der Matur 1961 studiert er Germanistik, Kunstgeschichte und Geschichte an der Universität Zürich. Er wird Assistent von Leopold Lindtberg am Schauspielhaus Zürich. 1967/68 besucht er die Filmkurse I und II an der Kunstgewerbeschule in Zürich. Er inszeniert Kurzfilme, darunter Rondo, der wegen seiner Kritik am Strafvollzug von der Justizdirektion Zürich bis 1976 verboten wird. Sein Film Ormenis 199 † 69 über die Kavallerie wird vom Kavallerieverein finanziell unterstützt und löst Debatten aus. Der Geldgeber verlangt Änderungen. Ab 1974 dreht Imhoof Spielfilme mit dokumentarischen Elementen. Fluchtgefahr schildert die kriminelle Karriere eines Automechanikers. 1980 erregt Das Boot ist voll Aufsehen. Imhoof thematisiert darin das Verhalten der Schweiz gegenüber Flüchtlingen aus Nazi-Deutschland. Von 1970 bis 1976 ist er Mitglied der Eidgenössischen Filmkommission, 1976 gründet er seine Produktionsfirma Limbo-Film AG, 1996 die Markus Imhoof Film GmbH. Imhoof lebt in Berlin. Er ist Mitglied der Akademie der Künste Berlin, der Deutschen Filmakademie, der Europäischen Filmakademie und der Academy of Motion Picture Arts and Sciences.